五子棋是起源于中國古代的傳統黑白棋種之一。現代五子棋日文稱之為“連珠”，英譯為“”。日文中還曾有“五目碰”、“五目”、“五格”、“串珠”等稱謂，英文也有“”，“”，“Five in row”(FIR)，“ 5”，捷克語“”，韓語“omok”……

現在國際已公認五子棋起源于中國，國內目前的說法有兩種：一說早于圍棋，早在“堯造圍棋”之前，民間就已有五子棋游戲；一說源于圍棋，是圍棋發展的一個分支。歐洲方面則取古老的說法：五子棋首次被提及是在約公元前2000年，出現在中國的黃河流域。同時他們也認為在古希臘以及被哥倫布發現前的美洲，類似五子棋這種游戲也有跡象顯示其有獨立的起源。不過就像圍棋的起源一樣，關于五子棋的起源也沒有具體的文獻史料佐證。

五子棋大約隨圍棋一起在我國南北朝時先后傳入朝鮮、日本等地。據日本史料文獻記載，中國古代的五子棋是經由高麗(朝鮮半島)，于1688年至1704年的日本元祿時代傳到日本的。但也有日本人爭論，五子棋是由日本人發明并流傳下來的競技，日本已故小說家、同時有著八段稱號的川口直樹先生，生前曾經非常深入地研究過五子棋的歷史。有關五子棋曾有這樣一段記載：大概從戰國時代(大致是豐臣秀吉掌權時代)后不久開始有五子棋，進入德川時代后便急劇出現。事情的起因是這樣的，皇宮中的女侍們從干活的同伴那里拾來小石子，把它們排列成五個子以取樂，后來進出皇宮的商人們回到家鄉后，把這種有趣的游戲向孩子們和衙役官員們傳播，教給他們玩法。另外，第一本有關五子棋的書籍也是1858年在日本出版。不過歐洲方面仍然認同五子棋最早是在中國出現的。

雖然五子棋最早起源于中國，但對于其發展貢獻最大的則是日本。五子棋在中國沒有被引起重視，但在日本的地位則得到提高。經過大量實戰對弈以及高手研究，發現五子棋執黑先行優勢很大。《萬朝報》（明治25年創刊）于明治32年(公元1899年)9月連載《五目碰必勝法》，引起很大反響，執黑必勝使五子棋失去了比賽和研究的意義，因此逐漸開始對五子棋規則進行改革。最初由于黑棋多以迅速得到雙活三棋形而取勝，大約在1880年前后，日本開始出現對黑棋以三三取勝的蔑視風潮，執黑者以三三取勝為恥，而盡量避免這種勝之不武的取勝之道，由此開始了對各種禁手的研究。大約經過了50年左右時間，到1930年代初，才形成了完整的禁手理論。

開始的時候先手方與后手方都有“三三禁手”的規定。在明治33、34年時期(1900、1901年)，由萬朝報社社長、當時公認的第一高手黑巖淚香先生(第一世名人，號“高山互樂”)掀頭，召集了許多高手商議對五子棋進行改革。規定黑方禁止走“三三”，白棋可自由走子；黑巖對當時將五子棋稱為“五目碰”的這種含輕視的稱謂表示遺憾，于是公開征名，正式確立“聯珠”這一名稱，取“日月如合璧，五星如聯珠”(《漢書》)之意（現寫作“連珠”）；并且將前三手開局棋形規范化，分為桂、間、連三種類型，每種7個共21個開局；還決定對段位進行分段，為以前的高手追加段位。

1912年規定，黑方因防御被迫走三三也判負；白方長連判勝，在這之前，雙方走出五連以上(長連)是無效的。

1916年規定，黑方長連判負。

1918年規定，黑方不允許走“四三三”，“五三三”仍可。

1931年規定，黑方不允許走“四四”，并且棋盤由縮至；1936年，第三世名人高木樂山成立“日本聯珠協會”，推行上述規定。

二戰使日本連珠的發展一度停滯，而戰后連珠屆則各自立門戶，其中一派主張維護舊有的十九道棋盤，另一派則要最終改進成十五道棋盤。直到1966年，日本聯珠協會、日本聯珠聯盟、新日本連珠社合并，成立“社團法人、日本連珠社”，并統一規則：十五道盤，黑三三、四四、長連禁手；將早前21種開局棋形增加至24種(禁止后手方指定禁手下白必勝的游彗星)。

有說法指在20世紀初，現代五子棋就傳入了歐洲。1958年2月，瑞典連珠協會建立；1979年8月前蘇聯連珠聯盟成立，并且在各加盟共和國中流行起來。歐洲人根據日語“五目”和“連珠”的發音，創造了“”和“”兩個拉丁詞。1988年8月8日，在奈良秀樹、早川嘉美等日本棋手的游說和倡導下，國際連珠聯盟( ，簡稱RIF)在瑞典的斯德哥爾摩正式成立，創始國為日本、前蘇聯、瑞典，將日本連珠社的規則作為官方規則。第一屆世界連珠錦標賽于 1989年在日本舉行，參加比賽的就是日本、前蘇聯和瑞典三個國家，此后每兩年舉辦一屆，直到現在共舉辦了十屆。1990年代初，前蘇聯加盟國相繼獨立，加盟RIF的國家增至八個，他們分別是日本、俄羅斯、瑞典、亞美尼亞、阿塞拜疆、愛沙尼亞、拉脫維亞和白俄羅斯。中國于1996年加入該組織，并成立 機構的。芬蘭、捷克、韓國、加拿大等也相繼加入。

據說早在20世紀20年代就有人提出五手二打的設想；而在1973年，日本的三好丈夫七段提出了三手可交換的方法，但并沒有引起多少人的關注。1987年奈良秀樹七段再次重提三手可交換的觀點，并對三手可交換的早期實現提出了具體措施。1988年4月日本正式采用五手二打規則，且同年9月第26期全日本連珠名人戰A級聯賽起，試驗采用開局三手可交換規則，但此時前三手仍是黑白雙方一人一手走出來的。1995年第33期名人戰才正式采用了三手可交換規則，同時決定前三手均由假先方布局的指定開局法。至此，現行的RIF規則(26種開局、禁手、三手交換、五手二打)才最終成形。

而五子棋的另一分支無禁手的五子棋在中歐波蘭、捷克等國比較流行，為了限制黑棋優勢，引入了交換規則，并且第一手不限天元，雙方五連以上無效。RIF組織下設立了五目()委員會，在舉辦世界連珠錦標賽的同時，也同時舉辦的世界錦標賽。

中國長久以來五子棋一直沒有得到發展，民間流行、為大眾熟知的主要是那種沒有禁手，且沒有任何規定限制的原始五子棋(黑方先行必勝)，直到20世紀90年代才開始引進現代五子棋規則。此后的十多年的時間里，五子棋在民間迅速普及。北京是五子棋發展最早也最普及的地區，1992年成立了我國第一個五子棋民間組織——京都五子棋社。在北京的帶動下，其他地區也先后成立了五子棋組織，如天津、上海、廊坊、秦皇島等等。1999年，中國北京舉辦了第六屆世界連珠錦標賽。2000年12月，中國棋院召開了非正式比賽棋類項目座談會，包括五子棋在內的一些棋類項目的負責人或發明人會聚中國棋院進行新棋種展示，并就這些非正式比賽項目的普及和發展方向、模式等問題進行了座談。2001年，國家體育總局批準中國棋院試辦全國性五子棋比賽。2002年8月2-4日，中國棋院舉辦了首屆全國五子棋個人邀請賽。此后每年舉辦一次，直到2006年共五屆全國個人邀請賽。2003年10月底，國家體育總局也批準了中國棋院審定的《中國五子棋競賽規則》（試行）。2006年2月，國家體育總局對五子棋正式立項，作為圍棋之下的一個二級項目。全國各地也相繼成立了新的五子棋俱樂部，除了較早的北京那威五子棋俱樂部、浙江弈緣五子棋俱樂部，還有河北妙手連珠俱樂部、河南寒月五子棋俱樂部。2007年5月和10月中國棋院先后舉辦了首屆全國五子棋團體錦標賽、首屆全國五子棋個人錦標賽。2007年8月，中國棋手吳鏑獲第十屆世界連珠錦標賽A組冠軍，仇云飛獲世界錦標賽冠軍。中國于2006和2008年兩次組隊參加了第六和第七屆世界連珠團體錦標賽，均獲得季軍。2009年，五子棋將作為首屆全國智力運動會的正式比賽項目。