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上海海事大學是一所以航運、物流、海洋為特色，具有工學、管理學、經濟學、法學、文學和理學等學科門類的多科性大學。2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽訂協議，共建上海海事大學。

學校設有2個博士后科研流動站(交通運輸工程、電氣工程)，2個一級學科博士點(交通運輸工程、管理科學工程)，19個二級學科博士點，13個一級學科碩士學位授權點，59個二級學科碩士學位授權點，6個專業學位碩士授權點，45個本科專業，10個高職專業。擁有10個省部級重點研究基地。現有1個國家重點(培育)學科，5個國家級特色專業，9個部市級重點學科，17個上海市本科教育高地。設有水上訓練中心，擁有萬噸級集裝箱教學實習船“育鋒”輪，世界最大4.8萬噸散貨教學實習船“育明”輪。

在2004年教育部本科教學工作水平評估和2006年教育部英語專業教學評估中獲得優秀。2013年，年度科技總經費達到3.0億元，獲一批國家級科研項目及部市級以上科技進步獎。

實行校院二級管理體制，現設有商船學院、交通運輸學院、經濟管理學院、物流工程學院(設中荷機電工程學院)、法學院、信息工程學院、外國語學院、海洋科學與工程學院、文理學院(設徐悲鴻藝術學院)、科學研究院、上海高級國際航運學院等二級辦學部門。在20000余名全日制學生中，有本科生17000余人，各類在校研究生3000余人。在1000余名專任教師中，有教授150名，具有博士學位的教師比例約58%。學校致力于培養國家航運業所需要的各級各類專門人才，已向全國港航企事業單位及政府部門輸送了大量畢業生，被譽為“高級航運人才的搖籃”。

學校2013年成立中國(上海)自貿區供應鏈研究院和上海高級國際航運學院。中國(上海)自貿區供應鏈研究院將自貿區建設與供應鏈研究有機結合，以提升自貿區產業鏈建設水平，促進自貿區貨物貿易向服務貿易的轉型發展，同時推動政府監管職能的轉變。上海高級國際航運學院采取國際上先進的商學院運作模式，與全球優秀教育機構資源共享，著力打造國內領先、國際知名的航運金融教育品牌，構筑具有影響力的航運高端人才輸出基地。

學校與境外70余所姐妹院校建立了校際交流與合作關系，開展教師交流、合作辦學、合作科研、學生交換等。與聯合國國際海事組織、波羅的海國際航運公會、挪威船級社等國際知名航運組織/機構建立了密切聯系。自2010年起開設“國際班”，邀請美國、韓國、波蘭、俄羅斯、德國等國家航海院校的學生來校學習“航海技術”“航運管理”等專業。2011年，經教育部批準，學校與加納中西非地區海事大學合作舉辦“物流管理”本科教育項目，并開始在非洲招生，這是上海市地方高校第一個頒發中國高校本科文憑的海外辦學項目。2012年，學校獲教育部批準正式成為“接受中國政府獎學金來華留學生院校”。