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機電工程學院發祥于1958年的福建農學院農機系，設有農業工程系、機械工程系、汽車工程系、電氣工程系、電子科學系、物理系和工程實訓中心等；現有農業工程一級學科博士點、機械工程一級學科碩士點，其中農業工程、機械工程學科為福建省重點學科，農業工程學科還入選了福建省高原學科；擁有農業機械化及其自動化、機械設計制造及其自動化、車輛工程、電氣工程及其自動化、電子科學與技術等五個本科專業。現有在校生1845人（其中本科生1710人，碩士生135人），教職工121人，其中專任教師78人（高級職稱36人，具有博士學位39人，有海外留學經歷23人），省級研究生導師團隊1支，省級本科教學團隊1支，校優秀教學團隊2支，教育部高等學校教學指導委員會委員1人，省級百千萬人才4人，“閩江學者”講座教授3人。

學院堅持立德樹人、德學兼修，強化工科學生的家國情懷、國際視野、法治意識、生態意識和工程倫理意識等，全面落實“學生中心、成果導向、持續改進”的國際工程教育專業認證理念，面向全體學生，關注學習成效，建設質量文化，持續提升工程人才培養水平，著力培養新工科人才“精益求進，追求卓越”的工匠精神。

學院機械裝備制造及其自動化專業群入選省級示范項目，機械設計制造及其自動化專業為國家特色專業、福建省人才培養模式創新實驗區，并通過了IEET工程認證，車輛工程專業為福建省特色專業，農業機械化及其自動化專業入選福建省服務產業特色專業、福建省創新創業試點專業，大學物理教學實驗室為省級實驗教學示范中心；學院擁有一批條件優越的實習、實訓平臺，與湖北十堰東風發動機廠、東南汽車、福大自動化科技、福建上潤、福建水口電站等企業合作建立一批高水平的大學生校外實踐基地；學院與南非德邦理工大學、臺灣中興大學、臺灣海洋大學等簽訂了多層次聯合辦學協議。近三年來，學院新增1個省級大學生校外實踐基地，1個省級虛擬仿真實驗教學項目，承擔3項國家教改項目，10項省級教改項目，3門課程入選省級在線開放課程，獲得省級教學成果一等獎1項，二等獎3項。

學院建有現代農業裝備福建省高校工程研究中心以及機械工程、汽車工程、農業工程、光電子農業工程與技術等四個校級研究所（中心），長期以來，突出農業工程和機械工程的特色，重點圍繞山地農業機械設計與實現、農情監測與農業環境調控、光電子農業工程與技術、機電產品設計方法與實現、先進制造與特種材料應用技術、機電控制與汽車電氣技術及應用等符合國家和省產業發展方向的基礎和應用研究。近年來，學院承接國家、省部級、行業企業科研項目的能力不斷增強，承擔有國家重點研發項目、國家自然科學基金、省部級重大、重點項目以及企業橫向課題等，近三年獲得各類科研經費1500多萬元，其中省部級及以上科研立項30多項，發表二區以上論文10多篇，最高影響因子達到9.1，還有1篇論文入選2018年ESI高被引論文，授權專利465件，占全校同期的1/3強，合作獲得1項省科技進步一等獎，1項省科技進步二等獎，科研成果豐碩。